Il Museo Storico Scientifico Naturalistico del Seminario vescovile di Vicenza si trova nelle sali attuali fin dall’inaugurazione del Seminario nel 1854. Nonostante il chiaro indirizzo classico-umanistico dell’Istituto, nasce all’inizio come laboratorio e poi come Museo per volontà del vescovo Giovanni Giuseppe Cappellari che raccomandava lo studio delle scienze affinché il clero fosse aggiornato alle esigenze del tempo.
Il Museo possiede minerali, rocce e fossili in parte acquistati nell’800, tra cui va ricordata la raccolta di fossili di Giovanni Meneguzzo, in parte provenienti da donazioni. La raccolta Zoologica e Botanica contiene un coccodrillo, uno struzzo, un giaguaro ed alcune pelli di anaconda, doni del dott. Eugenio Colbacchini, fratello di un missionario in Brasile. Vanno poi segnalate la raccolta entomologica del prof. Francesco Disconzi (1811-1875), presbitero vicentino e docente presso l’Università di Padova e l’erbario relativo alla vegetazione del monte Summano di mons. Antonio Frigo. Nel Museo sonno contenuti anche strumenti per gli esperimenti di meccanica, idrologia, meteorologia, fotografia, radiotelegrafia, nonché un cannocchiale telescopico dono della regina Margherita di Savoia al prete astronomo Francesco Faccin. Un cenno particolare meritano le collezioni di minerali, fossili, calchi di graffiti della Val Camonica, tronchi di legno fossile e di numerosi trilobiti offerte dal vescovo Pietro Giacomo Nonis (1988-2003).
Il Museo è formato da 5 ampie sale di circa 90 mq ciascuna, tre delle quali con scaffalature e vetrine ottocentesche.